Organizatoriskā struktūra nosaka, kā darbinieki un vadība sazinās aģentūrā. Tāpat kā privātā sektora uzņēmumi izmanto savas organizatoriskās struktūras produktivitātes un rentabilitātes mērķu sasniegšanai, valsts sektora aģentūras izmanto organizatorisko struktūru, lai veiktu savus uzdevumus visu iedzīvotāju labā. Valsts sektora aģentūras paļaujas uz stingru lomu definīciju organizatoriskajā struktūrā, lai veiktu savus uzdevumus.
Vertikālā struktūra
Lielākā daļa valdības aģentūru katrā līmenī izmanto vertikālo struktūru.Vertikālās organizatoriskās struktūras tiek definētas ar direktora vai nodaļas vadītāja augšdaļu, ar vairākiem vidējiem vadītājiem un vēl zemākiem amatiem. Departamenta vadītāji diktē darbības procedūras, vidējie vadītāji izstrādā plānus šo procedūru īstenošanai, un zemākā līmeņa darbinieki veic nepieciešamos uzdevumus. Lai gan dažādas militārās dienesta nozares ir vertikālās struktūras galvenie piemēri, daudzas civilās aģentūras arī izmanto šo metodi.
Horizontālā struktūra
Lai gan vertikālā struktūra koncentrējas uz hierarhiju, horizontālā struktūra izmanto vienlīdzīgāku iestatījumu. Horizontālā struktūra izmanto mazāk slāņu starp vadību un darba ņēmējiem, un ļauj nodrošināt plašāku saziņu starp šiem slāņiem. Kaut arī reti redzams augstākajos valdības līmeņos, horizontālo struktūru bieži izmanto aģentūrās ar mazāku jurisdikciju, zemākiem budžetiem un mazāk darbinieku. Piemēram, vietējā veselības departamenta direktors var izmantot horizontālu struktūru, lai tieši sazinātos ar inspektoriem un citiem darbiniekiem, nevis izmantojot vidējos vadītājus.
Sadalījuma struktūra
Nodaļas struktūras nodala darbiniekus pēc darba specialitātes vai ģeogrāfijas. Katra nodaļa pārrauga savas darbības ar minimālu ieguldījumu no citiem departamentiem. Piemēram, federālā līmenī Valsts departaments nodarbojas ar ārlietām. Valsts departamentā ir nodaļas, kas rīkojas ar ekonomikas izaugsmi, politiskajām lietām, ieroču kontroli un cilvēktiesībām.
Matricas struktūra
Matricas organizatoriskā struktūra izmanto sistēmu, kurā attiecības starp darbiniekiem un vadību tiek izveidotas kā režģis - vai matrica - nevis parastajā hierarhijā. Matricas struktūra ļauj aģentūrām ar pārklājošiem pienākumiem sazināties savā starpā, bet tā var arī novest pie pūles. Piemēram, Zinātnes un tehnoloģiju direkcija, Iekšzemes drošības departamenta nodaļa, izmanto matricas struktūru, lai koordinētu savus terorisma apkarošanas centienus.
